戦闘システム
■ 戦闘の基本システム
本作では、出撃前に行動するキャラクターを3人選択して敵との戦闘に挑む。戦闘中は、操作するキャラクターを選んで行動する。敵やシチュエーションにより、操作するキャラクターを変更していくことが戦いを有利に進めるための重要なポイントとなる。
本作に登場する各キャラクターは、固有の武器、およびアビリティを持っている。武器や魔法、さらにアビリティを駆使することでアクション性の高い戦闘を楽しむことができる。
■ 敵の指揮官
戦闘中、兵士を従えた指揮官が出現する。指揮官は、一般の兵士よりも優れた戦闘能力を有するが、先に倒すことで部下の兵士たちは戦意を失い逃走・降伏する。
■ キルサイトとブレイクサイト
ロックオン中の敵が攻撃態勢に入るといった行動を起こし隙ができると、キルサイトかブレイクサイトが表示される。キルサイト（赤いサイト）が表示された時は、その瞬間に攻撃すると一撃で倒すことができる。一方、ブレイクサイト（黄色いサイト）の場合は、大ダメージを与えることができる。
ただし、どちらのサイトも攻撃のタイミングが遅れると逆に相手からの猛攻を受ける可能性が高くなるので注意する必要がある。
■ 魔法
魔法は、詠唱時間（ボタンを押し続けている時間）に応じて強化され、「〜ラ」や「〜ガ」に変化する。魔法には、炎、氷、雷などの「属性」と、発動の仕様を表わす「系統」が存在する。系統は、銃火器の種類のようなもので、ショットガンやライフルなど様々なものが用意されている。
■ 三位一体
ミッションに向かう際に、召還獣のほかにも、メンバーで一斉に一体の敵を攻撃する【三位一体】を選ぶことが出来る。
ターゲットの敵の周囲にメンバー全員が集合して、それぞれが専用の特殊な攻撃を行う。
出撃メンバーが3人いないと発動できず、操作キャラクターのアビリティゲージを消費する。
召還獣（軍神）は命を犠牲に呼び出すことになるが、三位一体は何度でも使用することが可能。
ミッション内容をよく考えて使い分けることが、重要なポイントとなる。
■ 軍神（召喚獣）
軍神は、「魔導院ペリシティリウム朱雀」での召喚獣の呼称。使用者の命を犠牲にして召喚し、自ら操作することができる。戦況を一気に覆すことができるほど強力な存在のため、切り札として使用することができるが、一定時間が経過すると消える。
>> 軍神の能力はこちら
■ ファントマの取得
ファントマとは【命の源】とされるもので、倒した敵やモンスターをロックオンし、○△□のいずれかのボタンを押すことで、その瞬間に倒れている全ての敵から瞬時に入手が可能。また、同時にMPも回復する。レアなファントマほど回復量は多くなる。
■ アルトクリスタリウム
手に入れたファントマは、主に「アルトクリスタリウム」という場所で魔法を強化するために使用する。強化できるステータスは、「威力」、「MP効率」、「詠唱時間」、「射程距離」、「速度」などとなっている。
